就在10月28日，卡斯特罗就美、苏对于古巴问题的协议发表声明，要求美国在解除对古巴的封锁之外，还必须作出下列保证：①停止经济封锁；②停止一切颠覆活动；③停止从美国和波多黎各的基地上进行海盗式的攻击；④停止侵犯古巴领海领空的行动；⑤撤除关塔那摩海军基地，归还美国占据的古巴领土。
10月29日至11月初，美苏就如何撤除部署在古巴的导弹、接受美国监督检查等问题进行了一系列磋商，最后终于达成了协议。
11月7日，美国向“137”联合特混舰队下达了9-62号命令，命令规定，特混舰队在小安的列斯群岛至加勒比海之间进行海上检查。
为便于行动，“137”特混舰队明确了“责任区域”：委内瑞拉的“苏利亚”号和“新埃斯帕塔”号在委内瑞拉大陆和格林纳达岛之间的几个检查点巡逻。阿根廷的“罗萨莱斯”号扼守着多米尼加群岛和瓜德罗普岛之间的通道；“埃斯波拉”号独自监视着两个检查点：一个在瓜德罗普岛通道上，另一个在蒙特塞拉特岛沿海。“马林尼克斯”号则在北边的检查点巡逻，监视着阿内加达岛和安圭拉岛之间繁忙的阿内加达航道。其余既定的大部海域由美国舰艇负责监视。
11月8日下午，五艘苏联商船驶入了美国舰艇的视察区。美国航空母舰“黄蜂”号的直升机立即起飞，对第一艘舷号为“阿拉帕耶夫斯基”的商船进行检查。直升机在空中用灯光信号联系，通知船长揭开导弹上的覆盖物，直升机拍下了甲板上导弹的照片。紧接着，直升机又对“宾斯克”号、“沃特戈列斯”号等进行了检查。
为了让世界上都能清楚地了解前苏联运载导弹的实情，9日，当前苏联的“阿诺索夫”号商船接近视察区时，美国的一架海军巡逻机临空。在这架飞机上，有美国各大通讯社、报社、电台和电视台的十余名记者，他们将对这举世瞩目的事件作出实地报道。船上的前苏联船员非常愤怒，一拖再拖，最后无奈只把8枚导弹中的两枚覆盖物揭开，让记者们去拍照、报道。
海上视察的第三天，前苏联船员的愤怒达到了顶峰。尽管美国的直升机始终在上空盘旋，“列宁共青团”号上的船员仍拒绝揭开导弹上的覆盖物。为此，一艘美国驱逐舰紧“咬”着“列宁共青团”号，在距离不到400米处对峙了两个多小时。前苏联船只经再三请示当局后，不得已把8枚导弹中的6枚遮掩物打开，让美舰上的人员视察。美视察人员拍下了这些导弹和船员的悲愤表情。
截止到11日，前苏联货船已从古巴运走了42枚导弹。
11月20日，美国国防部长麦克纳马拉根据肯尼迪总统的指示，宣布解除对古巴的封锁。21日，苏联也对危机中动员的军队“解除动员令”。12月6日，前苏联伊尔-28轰炸机全部撤离古巴。至此，震动世界的古巴导弹危机得以结束，全世界爱好和平的人们总算松了一口气。一场濒临边缘的核战争就这样避免了。
美国通过海上威慑性封锁解决了古巴导弹危机。在这次封锁中，虽然美国在破坏公海自由原则、干涉别国内政、使用武力或以武力相威胁等方面的所作所为已经严重违反了《联合国宪章》和国际法规则，但是从军事方面看，这确是一次十分成功的海上封锁。其突出特点是：美国在没放一枪一弹的情况下，便在很短的时间解决了危机，慑服了对手，并且避免了一场大规模入侵战争，特别是避免了一场可能爆发的核战争。可以说，美国通过海上封锁既扑灭了“后院之火”，又遏制了“核战争”，“兵不血刃”地达到了其战略目的。由此证明威慑性海上封锁不失为一种政治、外交、军事斗争的重要样式，特别是在高技术的今天，将更加引起各国军事家、政治家的重视。
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